La historia de Mar Menor F.C. tiene su origen en la ciudad de San Javier, localidad donde el club inició su propia historia futbolística, y que adquirió su nombre en 2007 en honor a un entorno natural privilegiado.
Fundación
El Mar Menor F.C. se fundó en el verano de 2007 y comienza jugando en Primera Territorial, termina la liga en cuarta posición del Grupo II y consigue el ascenso a Territorial Preferente.
Territorial preferente
La temporada siguiente comienza algo irregular con 4 victorias, seguidas de 2 empates y 5 derrotas. En la segunda vuelta el equipo levanta el vuelo y pasa de la parte baja de la tabla a la mitad.
3a División RFEF
El 30 de mayo de 2010, el Mar Menor F.C. vence en el Pitín al CD Bullense, cuarto clasificado, por 5-0 y consigue la meta: el ascenso a Tercera División.
2a División RFEF
El 06 de Junio de 2021, el Mar Menor F.C. empata en el Pitín 1 a 1 frente al Cartagena B y hace buena la 1a plaza conseguida en la temporada regular, consiguiendo así su primer ascenso a Segunda División RFEF.